Nguyên nhân giảm sút vai trò của KHCN trong sản xuất nông nghiệp trước hết là do đầu tư ít ỏi cho lĩnh vực này. Trong giai đoạn trước đây, tỷ lệ đầu tư công cho nghiên cứu khoa học trong nông nghiệp của Việt Nam chỉ chiếm 0.12% trong GDP nông nghiệp trong khi tỷ lệ này ở Trung Quốc là: 0,43%, Thái Lan: Thái Lan: 1,40% ; Indonesia: 0,27%; Malaysia: 1,06%; Trung bình các nước châu Á: 0,58%.