Đến năm 2001, Chợ Mới nổi lên như một vùng trồng rau màu nổi tiếng khắp các tỉnh miền Tây, trong khi ở những nơi nước ngập trắng đồng. Cũng chính nhờ đê bao ngăn lũ nên người dân có điều kiện khai thác triệt để đất canh tác|, lúa trồng 3-4 vụ/năm, rau màu trồng 6-7 vụ/năm khiến cho đất đai bị khai thác cạn kiệt.
Ông Lê Thành Măng - người dân làm nông ở ấp Hoà Trung, xã Kiến An, huyện Chợ Mới - bức xúc: "Từ khi Nhà nước có chủ trương lập đê bao ngăn lũ, người dân rất hồ hởi. Thế nhưng những năm qua, đất đai bị khai thác quá mức, hàm lượng phân hoá học trong đất rất cao nên đất bị nhiễm độc trầm trọng, độ màu mỡ không còn do nhiều năm liền không xả lũ, phù sa không thể vào bồi đắp đồng ruộng. Đó là nguyên nhân chính làm cho năng suất lúa giảm đáng kể...".
Để minh chứng cho vấn đề năng suất lúa giảm do đê bao ngăn lũ, khoa Nông nghiệp thuộc Trường Đại học An Giang cũng đã có một nghiên cứu và đưa ra kết luận: Khi đê bao hoàn tất thì sau 2 năm, năng suất lúa giảm 7,2 tạ/ha trong vụ đông-xuân và 3,2 tạ/ha trong vụ hè-thu; sau 4 năm, năng suất lúa giảm 10,9 tạ/ha trong vụ đông-xuân và 2,4 tạ/ha trong vụ hè-thu; và sau 6 năm, năng suất lúa giảm 10,9 tạ/ha trong vụ đông-xuân và 3,9 tạ/ha trong vụ hè-thu.
Đối với một số vùng có đê bao ngăn lũ triệt để như Đồng Tháp, Cần Thơ, Vĩnh Long, Tiền Giang..., cái hại dài bắt đầu lộ diện. Ở Tiền Giang, hơn 50ha vườn cây ăn trái sum sê lại được đặt gọn trong hơn 50 vùng đê bao ngăn lũ khép kín. Mấy năm đầu vẫn thấy bình thường, thế nhưng 2 năm gần đây, một số nơi đã xuất hiện tình trạng cây chết hàng loạt.
Ông Bùi Hữu Liêm - chủ một vườn bưởi ở Mỹ Lương - kể: "Trước đây, năm nào nước lũ vào chân vườn rồi rút đi thì năm đó trái bưởi to, ngọt. Còn bây giờ thì bưởi teo còn bé tí, vỏ xấu xí, bán không ai mua".
Ông Dương Nghĩa Quốc - Phó Giám đốc Sở NNPTNT tỉnh Đồng Tháp - cho biết: "Căn bệnh vàng lùn, vàng xoắn lá đang hoành hành trên hàng chục ngàn hécta ruộng lúa ở các tỉnh ĐBSCL chính là hậu quả nhãn tiền của vấn đề này".
Ứng phó ra sao?
Theo đề nghị của các chuyên gia nghiên cứu nông nghiệp, chính quyền các địa phương và ngành nông nghiệp ở các tỉnh ĐBSCL cần có cái nhìn hai mặt: "Được và mất" của việc xây dựng các tuyến đê bao ngăn lũ triệt để. Bởi cái giá hiện nay mà nhiều nơi trong vùng ĐBSCL phải trả cho việc cấm vận nguồn nước của dòng Cửu Long là quá lớn. Một số ý kiến cho rằng ngành nông nghiệp cần phải tìm giải pháp hữu hiệu để người dân vừa sống chung với lũ để khai thác những nguồn lợi, vừa đối phó với những thiệt hại do lũ gây ra.