Từ ngày 10/8/2009, các đơn vị thuộc Văn phòng Bộ TN&MT triển khai áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2008. Theo đó, các phòng ban của Văn phòng Bộ sẽ thực hiện các hoạt động tác nghiệp theo 24 quy trình chuẩn, như quy trình kiểm soát tài liệu, đánh giá chất lượng nội bộ, xây dựng chương trình công tác và báo cáo công tác của Bộ, quy trình quản lý văn bản đến - đi, kiểm soát hồ sơ, quản lý tài sản công, tổ chức giao lưu trực tuyến... Văn phòng Bộ là đơn vị đầu tiên của Bộ TN&MT thí điểm áp dụng hệ thống quản lý này.