Vấn đề quan trọng là các cán bộ tài chính hiểu rõ được các chức năng chính của họ. Các chức năng này bao gồm:

Tất cả các tài sản cố định mà Chương trình nắm giữ phải được dán nhãn với một mã số nhận dạng riêng do Chương trình quy định và được ghi nhận vào Sổ tài sản cố định (mẫu số C53-HO, Quyết định 19/2006-QĐ-BTC ngày 30 tháng 3 năm 2006 của Bộ Tài chính) ngay sau khi được mua về. Sổ tài sản cố định tối thiểu phải có các thông tin về tên tài sản, mô tả tóm tắt về tài sản, mã tài sản, ngày mua, giá mua, nơi sử dụng, người chịu trách nhiệm và tình trạng.

Văn bản hướng dẫn chính về hạch toán kế toán cho các đơn vị hành chính sự nghiệp là Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30 tháng 3 năm 2006 của Bộ Tài chính, về việc Ban hành chế độ kế toán hành chính sự nghiệp. Phần dưới đây trình bày các nghiệp vụ kế toán chủ yếu cần tuân thủ.

Các khoản thanh toán cần được thực hiện theo các điều khoản hợp đồng. Nếu các điều khoản hợp đồng không quy định cụ thể thời gian thanh toán, các khoản thanh toán nên được thực hiện trong vòng 30 ngày kể từ ngày nhận được hóa đơn và các chứng từ khác đối với các khoản chi phí hợp lệ, tùy thuộc vào sự kiểm tra của Kho bạc Nhà nước.

Đại sứ quán Đan Mạch sẽ chuyển vốn bằng Đồng Việt Nam vào Kho bạc Nhà nước Trung ương hai lần một năm. Kho bạc Nhà nước Trung ương phải gửi giấy xác nhận cho Đại sứ quán Đan Mạch. Sau đó, vốn của Chương trình được chuyển cho các đơn vị thực hiện thông qua Kho bạc Nhà nước.

Trong quá trình lập ngân sách, Chương trình sẽ áp dụng các định mức chi phí mới nhất do Chính phủ Việt Nam ban hành. Phụ lục 2 trình bày tóm tắt các định mức chi phí được quy định trong các thông tư hiện hành. Ban Quản lý Chương trình chịu trách nhiệm cập nhật thông tin về các định mức chi phí này và đảm bảo các định mức chi phí mới nhất được áp dụng.

Việc lập ngân sách cho các hoạt động tại cấp tỉnh phải tuân theo quy trình được nêu trong Luật Ngân sách Nhà nước, Nghị định 60/2003/NĐ-CP ngày 6 tháng 6 năm 2003, và Thông tư 59/2003/TT-BTC ngày 23 tháng 6 năm 2006 của Bộ Tài chính. Ngoài ra, ngân sách phải được Ban chỉ đạo cấp tỉnh liên quan phê duyệt, như sơ đồ sau:

Trong giai đoạn khởi động, ngân sách Chương trình sẽ không được phê duyệt theo quy trình phê duyệt ngân sách thông thường. Do đó, cần sử dụng quy trình phê duyệt ngân sách bổ sung đối với ngân sách Chương trình cho giai đoạn này (đó là ngân sách được phê duyệt ngoài quy trình phê duyệt ngân sách thông thường) như sau:

Có thể khẳng định rằng việc chính sách hỗ trợ, chính sách phát triển có xuống được thực tế người dân nông thôn hay không phụ thuộc lớn vào năng lực và tổ chức thể chế cấu trúc vận hành cấp xã, thôn. (Viện dân tộc học)

Các doanh nghiệp nhiều, nhưng DN đầu tư cho nông nghiệp chưa nhiều, cần chính sách thu hút đầu tư của DN, vào miền núi. Trong khi đó nhìn sang Trung Quốc: Trung Quốc có chính sách cho dân góp đất, góp sổ đỏ cho doanh nghiệp, doanh nghiệp trả tiền cho trả cho dân 2000 tệ/năm/ 660 m2.

Hiện nay, chính sách phát triển nông nghiệp nông thôn miền núi có quá nhiều chính sách, cán bộ quản lý, người dân khó có thể biết được chính sách còn hiệu lực, hết hiệu lực… Trong quá trình thực hiện chính sách thực tế cho thấy, có quá nhiều chính sách ban hành ra, nhưng chồng chéo, bất hợp lý, khiến việc triển khai gặp nhiều khó khăn. Nếu có thể thì rà soát lại, và tập hợp lại theo 1 số chính sách chính (Ban Dân tộc Thái Nguyên)

Ngân sách phải được tách biệt giữa Nguồn vốn của nhà tài trợ và nguồn vốn đối ứng theo Văn kiện Chương trình. Ngoài ra, ngân sách phải được Ban chỉ đạo cấp quốc gia phê duyệt. Quy trình phê duyệt được thể hiện bằng sơ đồ dưới đây.