Trong giai đoạn khởi động, ngân sách Chương trình sẽ không được phê duyệt theo quy trình phê duyệt ngân sách thông thường. Do đó, cần sử dụng quy trình phê duyệt ngân sách bổ sung đối với ngân sách Chương trình cho giai đoạn này (đó là ngân sách được phê duyệt ngoài quy trình phê duyệt ngân sách thông thường) như sau:

Có thể khẳng định rằng việc chính sách hỗ trợ, chính sách phát triển có xuống được thực tế người dân nông thôn hay không phụ thuộc lớn vào năng lực và tổ chức thể chế cấu trúc vận hành cấp xã, thôn. (Viện dân tộc học)

Các doanh nghiệp nhiều, nhưng DN đầu tư cho nông nghiệp chưa nhiều, cần chính sách thu hút đầu tư của DN, vào miền núi. Trong khi đó nhìn sang Trung Quốc: Trung Quốc có chính sách cho dân góp đất, góp sổ đỏ cho doanh nghiệp, doanh nghiệp trả tiền cho trả cho dân 2000 tệ/năm/ 660 m2.

Hiện nay, chính sách phát triển nông nghiệp nông thôn miền núi có quá nhiều chính sách, cán bộ quản lý, người dân khó có thể biết được chính sách còn hiệu lực, hết hiệu lực… Trong quá trình thực hiện chính sách thực tế cho thấy, có quá nhiều chính sách ban hành ra, nhưng chồng chéo, bất hợp lý, khiến việc triển khai gặp nhiều khó khăn. Nếu có thể thì rà soát lại, và tập hợp lại theo 1 số chính sách chính (Ban Dân tộc Thái Nguyên)

Ngân sách phải được tách biệt giữa Nguồn vốn của nhà tài trợ và nguồn vốn đối ứng theo Văn kiện Chương trình. Ngoài ra, ngân sách phải được Ban chỉ đạo cấp quốc gia phê duyệt. Quy trình phê duyệt được thể hiện bằng sơ đồ dưới đây.

Ngân sách được nêu trong Hiệp định Chính phủ ký giữa Đan Mạch và Việt Nam về tài trợ vốn cho chương trình là bằng VNĐ. Mặc dù tổng ngân sách cho phần chương trình do Đại sứ quán tài trợ không thể vượt quá giá trị cam kết bằng Cu-ron Đan Mạch (“DKK”), Đại sứ quán, chứ không phải chương trình, chịu trách nhiệm giám sát giá trị cam kết bằng DKK.

Tất cả các vấn đề về quản lý sẽ được quyết định ở cấp hợp phần và Ban Giám sát chỉ chịu trách nhiệm theo dõi tiến độ chung của toàn Chương trình, phân bổ các nguồn vốn chưa phân bổ và thực hiện một số thay đổi thiết yếu. Các thay đổi này có thể gồm việc phân bổ lại ngân sách giữa các hợp phần hay giữa các tỉnh do tiến độ thực hiện có sự cách biệt lớn. Tuy nhiên chỉ tiến hành phân bổ lại giữa các hợp phần hay giữa các tỉnh trong những trường hợp thực sự cần thiết.

Sổ tay quản lý tài chính và kế toán (“Sổ tay”) tóm lược những nội dung chính của quy trình quản lý tài chính do Chương trình “Hỗ trợ Chương trình Ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn” (“Chương trình”) thực hiện.

Đại sứ quán Đan Mạch và Công ty kiểm toán KPMG đã hoàn thiện xong bản dự thảo sổ tay tài chính kế toán của chương trình.

Cơ chế tài chính hiện nay không hỗ trợ cho việc trao quyền, phân quyền cho cơ sở. Để được giao chủ đầu tư các công trình cấp xã, xã phải có đủ năng lực đọc bản vẽ thiết kế,… chính vì vậy nếu đi thuê tư vấn làm thẩm định, thiết kế, kiểm tra, giám sát, thì phần kinh phí đã mất đi 50% phần kinh phí đầu tư, nên số vốn còn lại cho chủ đầu tư xã mất đi 50%, vì vậy nên đa số huyện vẫn phải làm chủ đầu tư.

Ngày 12 tháng 12 năm 2008, tại Thái Nguyên, Viện Chính sách và Chiến lược PTNNNT phối hợp với Đại học Thái Nguyên tổ chức Hội thảo Quỹ Nghiên cứu chính sách phát triển nông nghiệp nông thôn nông dân miền núi phía Bắc. Hội thảo thu hút được sự tham gia của các đại biểu cơ quan làm công tác quản lý dân tộc: Ủy ban Dân tộc, Ban Dân tộc tỉnh Thái Nguyên, các cán bộ nghiên cứu trong ngành của Đại học Thái Nguyên, Đại học Tây Bắc, Viện Dân tộc học, cùng đại diện các nhà quản lý ngành nông nghiệp ở Thái Nguyên, Điện Biên, Lai Châu. TS.Đặng Kim Sơn, Viện trưởng Viện Chính sách Chiến lược PTNNNT chủ trì Hội thảo.

Trạm Tấu và Mù Cang Chải là 2 huyện nằm trong 61 huyện khó khăn nhất của cả nước. Những năm qua với nhiều chương trình như: 134, 135, cho vay hộ nghèo... đã làm thay đổi đáng kể bộ mặt nông thôn miền núi.