Thách thức lớn nhất khi Nông nghiệp Việt Nam hội nhập WTO là khả năng cạnh tranh khốc liệt của các hàng nông sản trong nước với hàng ngoại nhập có chất lượng cao. Do thực thi quyền sở hữu trí tuệ, nông dân sẽ phải mua giống, vật tư, tư liệu sản xuất nông nghiệp với giá cao và do đó làm tăng chi phí sản xuất.