Doanh nghiệp, hộ nông dân chưa thực sự gắn bó và thực hiện đúng cam kết đã ký; tỷ lệ nông sản hàng hóa được tiêu thụ thông qua hợp đồng còn rất thấp (lúa hàng hóa 6-9% sản lượng, thủy sản dưới 10% sản lượng, cà phê 2-5% diện tích); doanh nghiệp chưa quan tâm đầu tư vùng nguyên liệu, chưa điều chỉnh kịp thời hợp đồng bảo đảm hài hòa lợi ích của nông dân khi có biến động về giá cả; trong một số trường hợp, nông dân không bán hoặc giao nông sản cho doanh nghiệp theo hợp đồng đã ký; xử lý vi phạm hợp đồng không kịp thời và chưa triệt để; tình trạng tranh mua, tranh bán vẫn xảy ra khi đã có hợp đồng