Chương trình Hỗ trợ ngành Nông nghiệp là một chương trình phức hợp bao gồm 6 hợp phần tổng hợp và nhiều tham vọng với 14 tiểu hợp phần và 2 ‘dự án đặc biệt’. Về mặt địa lý, các hoạt động của Chương trình hỗ trợ ngành Nông nghiệp trải rộng trên 34 tỉnh và công tác quản lý chương trình được đặt ở cấp trung ương.

Để chuẩn bị bước đầu cho việc xác định định hướng cho Chương trình hỗ trợ ngành thế hệ tiếp theo, đầu năm 2005 Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn và Danida đã khởi xướng một đợt đánh giá chung về giai đoạn đầu tiên của sự hợp tác này. Đoàn đánh giá đã xác định các lĩnh vực cần cải thiện như sau: Trực tiếp hướng vào người nghèo, phụ nữ và các dân tộc thiểu số; Tập hợp và lưu giữ bằng tài liệu các tác động và tăng cường nhân rộng ảnh hưởng; Tăng cường tính sở hữu chủ của phía Việt Nam bao gồm việc phát huy các hệ thống vốn có của Việt Nam; Xây dựng hướng dẫn quản lý rõ ràng và hiệu quả hơn; Hỗ trợ có trọng điểm hơn và hạn chế mức độ tham vọng; và nâng cao tính gắn kết và phối hợp giữa các hợp phần, các đối tác/các sở và các tỉnh.

Tuy nhiên, đoàn đánh giá cũng nêu bật những bài học khả quan có thể đúc rút làm cơ sở cho giai đoạn hợp tác tiếp theo. Những bài học đó có thể tóm lược bao gồm thành công về mặt áp dụng các phương pháp có sự tham gia và từ dưới lên ở các cấp, tạo dựng được năng lực thích hợp, thay đổi thái độ, tập trung vào quá trình thay đổi dài hạn, và những đóng góp tuy chậm nhưng chắc vào quá trình cải cách chính sách ngành.

Với những phát hiện này, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đã khuyến nghị chương trình tiếp theo nên tập trung mạnh mẽ hơn vào cấp tỉnh và cấp thấp hơn.

Chính phủ Việt Nam và Danida đã quyết định sẽ vận hành chương trình theo hệ thống của Việt Nam, chú trọng hơn nữa vào giảm nghèo và nhấn mạnh đặc biệt tới cộng đồng các dân tộc thiểu số miền núi nơi vẫn có tỷ lệ nghèo rất cao. Hai bên cũng đã quyết định thêm rằng chương trình hợp tác tiếp theo sẽ phân tách rõ ràng hơn giữa trách nhiệm chiến lược và chính sách ở cấp trung ương với các trách nhiệm thực hiện tại địa phương. Theo cách tiếp cận này, sẽ có một hợp phần trung ương riêng, và một hợp phần được thực hiện tại cấp tỉnh và các cấp thấp hơn.

Sau khi tới làm việc tại một số tỉnh, chương trình đã quyết định hỗ trợ năm tỉnh Đắk Lắk, Đắk Nông, Điện Biên, Lai Châu và Lào Cai. Những tỉnh này thuộc diện nghèo nhất nước và tất cả đều có tỷ lệ các dân tộc thiểu số nghèo cao. Hầu hết nông dân nghèo và đặc biệt nông dân của các dân tộc thiểu số đang thực hiện canh tác miền núi, nhưng một số người sống dựa vào các nguồn thu nhập khác.

Để hỗ trợ tiến trình thiết kế chương trình, năm nghiên cứu chuyên đề đã được thực hiện tại những tỉnh này liên quan đến một số vấn đề chính của nông dân nghèo miền núi như: marketing trong nông nghiệp, tổ chức nông dân, quản lý tài nguyên thiên nhiên, canh tác miền núi và an ninh lương thực, và các dịch vụ khuyến nông và thông tin về hạn canh. Một nghiên cứu về dòng ngân sách cũng được tiến hành tại tỉnh Điện Biên.

Từ tháng 11 năm 2005 đến tháng 1 năm 2006, các đoàn công tác xác định định hướng đã đến làm việc tại cấp trung ương và các tỉnh để xác định các lựa chọn phù hợp cho Chương trình hỗ trợ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, 2007-2011.

Dựa trên kết quả của các hoạt động chuẩn bị đó, từ tháng 3 đến tháng 5 năm 2006, các đoàn công tác thiết kế chương trình đã làm việc tại cấp trung ương và các tỉnh dự kiến thuộc chương trình. Các đoàn công tác đã làm việc với rất nhiều bên có liên quan ở cấp tỉnh, huyện và xã. Trong khuôn khổ phối hợp và thường xuyên trao đổi với các đối tác trong cả nước, một cuộc họp với tất cả các đối tác đã được tổ chức tại Hà Nội.

Mỗi tỉnh đã thành lập Ban điều phối và Tổ công tác với thành phần gồm các đơn vị có liên quan và do Uỷ ban Nhân dân Tỉnh điều hành. Các Ban điều phối và tổ công tác này đã phối hợp chặt chẽ với các đoàn công tác xác định định hướng và thiết kế chương trình.

Để tổng hợp kết quả làm việc của các đoàn công tác thiết kế chương trình, vào tháng 6, Đại sứ quán đã trực tiếp đến làm việc tại tất cả các tỉnh và đã có nhiều buổi họp làm việc với các Ban điều phối và các Tổ công tác.

Đoàn thẩm định của Danida làm việc tại Việt Nam vào tháng 9/2006 đã kết luận cần phải làm rõ thêm các hoạt động cho các đơn vị trong Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn cũng như với các đơn vị cấp tỉnh. Cơ cấu tổ chức trong nội bộ Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đang thay đổi nhanh chóng và đòi hỏi công tác thiết kế chương trình phải có những điều chỉnh cho phù hợp. Tiếp theo, vào tháng 11 và 12, Đại sứ quán Đan Mạch đã tiếp tục đến làm việc tại các tỉnh và đồng thời triển khai nghiên cứu để xác định các đơn vị cung cấp dịch vụ tiềm năng. Các vấn đề liên ngành cũng được bổ sung và làm rõ hơn trong văn kiện chương trình. Ngoài ra cũng đã tiến hành rà xoát vấn đề môi trường theo đúng yêu cầu đảm bảo chất lượng của Danida.