Xây dựng bộ tiêu chí về nông thôn mới là một công việc khó, bởi lẽ nông thôn có tính chất phức tạp bao gồm cả không gian, sinh thái, xã hội và kinh tế…và luôn luôn biến động đa dạng theo vùng miền. Mặc dù vậy, việc xây dựng tiêu chí nông thôn mới là hết sức cần thiết đảm bảo sự định hướng quốc gia, vùng miền và sự hợp tác giữa các thành phần xã hội, giữa nhà nước và tư nhân trong quá trình xây dựng, phát triển nông thôn.
Trong mười năm qua, kinh tế nông thôn đã có sự chuyển biến sâu rộng, cả tích cực và tiêu cực: sản xuất lương thực và thu nhập của người nông dân tăng, việc cải cách chính sách thuế cũng như xây dựng nền chính trị dân chủ đã đem lại sự chuyển biến sâu sắc trong thể chế quản lý kinh tế và cơ cấu quản lý xã hội. Xây dựng và phát triển nông thôn hiện nay đang cùng một lúc chịu tác động của nhiều quá trình như đô thị hoá, quá trình công nghiệp hoá, quá trình hội nhập kinh tế quốc tế và quá trình phi tập trung hoá do sự phân cấp, phân quyền ngày càng rõ nét của hệ thống chính trị.

Tham luận của TS. Vũ Trọng Bình, Giám đốc Trung tâm Phát triển nông thôn (RUDEC/IPSARD) trình bày tại buổi toạ đàm nêu lên một số thách thức đang đặt ra cho quá trình xây dựng nông thôn mới như:
- Không gian nông thôn đang bị phá vỡ tại nhiều nơi, mất đi tính truyền thống, sinh thái. Không có qui hoạch tốt về hạ tầng nông thôn cả về kinh tế, các công trình công cộng, văn hoá, môi trường. Chất lượng hạ tầng thấp, môi trường bị suy thoái, quản lý không gian kém.
- Xã hội nông thôn chưa được tổ chức tốt, thiếu dân chủ cơ sở, mâu thuẫn xã hội, sắc tộc gia tăng, văn hoá truyền thống bị mai một.
- Kinh tế nông thôn kém phát triển, thiếu công ăn việc làm ổn định, nghèo đói giảm chậm, một bộ phận dân cư còn sống dưới mức nghèo khổ.
Cũng theo TS. Vũ Trọng Bình, các tiêu chí nông thôn mới phải vừa có những đặc trưng chung nhưng đồng thời phải mang đặc trưng của nông thôn mới theo vùng miền. Nguyên nhân là do việc phát triển nông nghiệp địa phương liên quan đến tính đa dạng khu vực, các vấn đề nông thôn ràng buộc và tác động lẫn nhau, gắn với đặc thù địa phương và tính huy động nguồn lực…Theo quan điểm này, nông thôn mới được chia thành những vùng miền khác nhau, mỗi vùng miền có những đặc trưng riêng đó là: (i) miền núi phía Bắc, (ii) vùng đồng bằng sông Hồng và Bắc Trung Bộ, (iii) vùng duyên hải, (iv) Tây Nguyên, (v) Nam Bộ và (vi) mô hình nông thôn ven đô thị.
Ông Nguyễn Thế Dũng (Ngân hàng Thế giới) có ý kiến cho rằng, những tiêu chí cần xây dựng để đặc trưng cho nông thôn mới để không bị lẫn với đô thị mới, ví dụ như vấn đề hạ tầng nông thôn, rõ ràng không cần phải tốt, hiện đại như hạ tầng đô thị nhưng phải đáp ứng được một cách cơ bản cho phát triển kinh tế - xã hội. Ngoài ra, cần đưa ra được mốc thời gian cụ thể hơn để có thể xác định rõ bước đi và đặc biệt cần làm rõ tiêu chí được xây dựng phục vụ cho việc xác định chính sách của nhà quản lý hay để làm căn cứ thi đua…
Ông Chu Tiến Quang (Viện Nghiên cứu Quản lý Kinh tế Trung ương) cho rằng, cần phải định nghĩa xây dựng “nông thôn mới” là như thế nào?, nông thôn cũ và mới có gì khác nhau?, chữ “mới” trong tham luận không xác định, hôm nay mới nhưng ngày mai có thể sẽ là cũ. Nhiều ý kiến khác quan tâm đến việc trả lời cho câu hỏi cái đích của nông thôn mới là gì?, con người trong đó ra sao?.v.v..