1) Vì cơ quan khoa học ở Việt Nam luôn được đặt trực thuộc một cấp hành chính, nên cũng được sắp xếp theo thứ bậc hành chính. Người lãnh đạo tổ chức khoa học cũng được gắn cấp bậc theo thứ bậc hành chính. Như vậy, trong cộng đồng khoa học Việt Nam ở quốc nội, điều nổi lên rõ rệt trên bề mặt của xã hội, là sự sắp đặt địa vị và quyền hạn của cơ quan khoa học theo địa vị và quyền hạn được phân chia đẳng cấp trong hệ thống hành chính. Đây có lẽ là đặc điểm quan trọng nhất chi phối thang bậc giá trị của các cơ quan khoa học Việt Nam. 2) Sự chi phối của cấp bậc hành chính vào giá trị khoa học được thể hiện trước hết ở sự phân biệt giá trị của công trình khoa học theo cấp bậc hành chính. Chính đây là nguyên nhân thúc đẩy người ta chạy đôn chạy đáo để tìm kiếm các đề tài “cấp nhà nước”, hầu như ngày càng thiếu vắng những tìm tòi mang tính cá nhân của các nhà nghiên cứu. Đây có lẽ là thứ chuẩn mực độc đáo nhất thế giới. Với chuẩn mực này, người ta không biết sẽ xếp hạng thế nào đối với những công trình “cấp cá nhân” của Karl Marx với Tư bản luận, của Khổng Tử với những pho “Kinh” đồ sộ, của sử gia Ngô Sĩ Liên với Đại Việt Sử ký toàn thư.
3) Báo chí trong nước nhiều lần nói về các quan chức làm chủ nhiệm chương trình danh nghĩa và gọi họ là “cai đầu dài” trong khoa học. Chúng tôi không muốn nói như vậy, bởi vì, thật ra khoản tiền cấp cho các đề tài không đáng là gì so với các khoản bổng lộc và tham nhũng có thể tìm kiếm được qua các chức vụ của họ. Đề tài và chương trình ấy chỉ có ý nghĩa trang sức cho chức vụ, hơn nữa, là cơ sở để tính điểm phong GS và PGS...
4) Điều đáng suy nghĩ là, có những vị GS tự thấy không đủ tư cách khoa học ở chính cái đơn vị nghiên cứu của mình, thì đã tìm cách đạt được những chức vụ Đảng hoặc chức vụ hành chính, lấy đó làm cái đệm để tiến lên các chức vụ cao hơn, rồi ở vị trí này, họ lại đi tìm kiếm những đề tài “cấp nhà nước”. Dù các giáo sư này viết ra những bản đề cương không mấy chất lượng, nhưng vì đây là đề xuất của cơ quan cấp cao, nên được vị nể và cuối cùng đề cương vẫn được phê chuẩn với kinh phí hàng tỉ đồng mỗi năm. Rồi các vị đã biến nhân viên các cơ quan hành chính, cơ quan Đảng, thậm chí Quốc hội... thành những “nhà” hoạt động khoa học. Một số "nghị sĩ" cũng dành thời gian làm nhiệm vụ... nghiên cứu khoa học, trong khi nhiều bộ của Chính phủ (cơ quan hành pháp) lại thay thế họ soạn thảo các dự án luật; một số giảng viên và sinh viên thì được huy động tham gia các hoạt động chính trị - xã hội, kể cả việc tràn xuống đường phố dẹp ùn tắc xe cộ, thay thế công việc của cảnh sát giao thông. Một bộ phận xã hội bị đảo lộn chức năng và vai trò, trong đó có cả việc đảo lộn chức năng và vai trò của cơ quan khoa học. Hơn nữa, gần đây người ta lại thấy xuất hiện tiêu chuẩn về “nghiên cứu khoa học” trong một văn bản hướng dẫn xem xét nâng ngạch, bậc cho chuyên viên hành chính: trong đó ghi rõ tiêu chuẩn “có một công trình nghiên cứu khoa học”(!)
5) Một vấn đề nổi lên trong hệ thống khoa học nước ta là việc suy tôn các danh hiệu. Việt Nam có quá nhiều các loại danh hiệu để phong tặng cho đội ngũ giáo chức các cấp, nào là lao động tiên tiến, lao động giỏi, chiến sĩ thi đua, anh hùng lao động, thầy giáo dạy giỏi, nhà giáo nhân dân, nhà giáo ưu tú... Tiêu chuẩn để phong “Nhà giáo ưu tú” là phải có 5 năm là... “chiến sĩ thi đua”, trong đó phải có 2 năm là chiến sĩ thi đua “cấp bộ”. Mà muốn là chiến sĩ thi đua, đương sự phải có thành tích trong công tác xã hội và các “phong trào quần chúng” chứ không phải chỉ có thành tích khoa học.
6) Các chức danh khoa học cũng không thực sự phản ánh giá trị đích thực của khoa học. Thí dụ, phải có một số giờ giảng cho các lớp đại học và hướng dẫn luận văn sau đại học (post-graduate thesis). Như vậy có nghĩa, việc phong GS chỉ dành cho những người làm việc trong các ngành vốn có sẵn sinh viên hoặc “được phép” đào tạo sau đại học bằng một văn bản quyết định hành chính. Điều này khác hoàn toàn với các nước có nền khoa học phát triển, là hiệu trưởng đại học (chứ không phải Nhà nước) “bổ nhiệm” chức vụ giáo sư khi có nhu cầu lựa chọn người lãnh đạo hoặc mở ra một ngành khoa học, đặc biệt coi trọng là những ngành mới, hoàn toàn chưa có sinh viên hoặc đào tạo sau đại học.
7) Vài thập niên lại đây ở Việt Nam nổi lên trào lưu “phong” viện sĩ, đầu tiên là do Viện HLKH Liên Xô khởi xướng. Viện này phong “viện sĩ” (academic hoặc member) cho những người có đóng góp vào sự phát triển khoa học của Liên Xô. Có ba loại viện sĩ: viện sĩ chính thức, viện sĩ thông tấn, viện sĩ nước ngoài. Một số người Việt Nam đã được phong “viện sĩ nước ngoài”, trong đó, có người đạt thành tích thật sự trong khoa học; song cũng có vị... Bộ trưởng... bỗng dưng được phong viện sĩ vì một thành tích rất lạ, được ghi trên mảnh bằng viện sĩ, là... “phát minh”... “công thức trộn vật liệu làm đường cấp phối”.
Vì ở trong nước chỉ mới quen một cách dịch “academy” là “viện hàn lâm”, cho nên “member” của các “academy”, đương nhiên sẽ được hiểu là “viện sĩ” của các “viện hàn lâm”, và cứ như thế, các “viện sĩ” Việt Nam mọc ra như nấm sau mưa. Do không có thông tin đầy đủ, một số tờ báo ở trong nước, ngay cả thời gian gần đây, vẫn xưng tụng các “viện sĩ” này như một thứ “hàng hiệu” của khoa học Việt Nam. Thật là một tấn tuồng bi hài.