1. Lãnh đạo Viện:
a) Lãnh đạo Viện có Viện trưởng và không quá 03 Phó Viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định;
Viện trưởng điều hành hoạt động của Viện, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về hoạt động của Viện;
b) Phó Viện trưởng giúp Viện trưởng theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo sự phân công của Viện trưởng và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng, trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công.
2. Các Phòng chức năng:
a) Phòng Tổ chức, Hành chính;
b) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;
c) Phòng Tài chính, Kế toán.
3. Các Ban:
a) Ban Chính sách và Chiến lược;
b) Ban Thị trường và Ngành hàng;
c) Ban Kinh tế Tài nguyên và Môi trường;
d) Ban Thể chế nông thôn.
4. Các Trung tâm trực thuộc:
a) Trung tâm Thông tin phát triển nông nghiệp nông thôn;
b) Trung tâm Tư vấn Chính sách nông nghiệp;
c) Trung tâm Phát triển Nông thôn;
Các Trung tâm là tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc Viện có tư cách pháp nhân, có con dấu, có tài khoản riêng, hoạt động theo quy định của pháp luật.
Phòng có Trưởng phòng và không quá 02 Phó Trưởng phòng, Bộ môn có Trưởng Bộ môn và không quá 02 Phó Trưởng Bộ môn, Trung tâm có Giám đốc Trung tâm và không quá 02 Phó Giám đốc Trung tâm do Viện trưởng quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định của pháp luật.
Viện trưởng quy định chức năng, nhiệm vụ của các tổ chức trực thuộc Viện; bố trí sắp xếp công chức, viên chức và người lao động phù hợp với vị trí việc làm; xây dựng trình Bộ phê duyệt Điều lệ tổ chức và hoạt động của Viện theo quy định của pháp luật.