Vấn đề khó nhất và mang tính quyết định đến xây dựng NTM là phát triển sản xuất
và tổ chức sản xuất, được Ban chỉ đạo Trung ương đặc biệt quan tâm đôn đốc, Bộ NN-PTNT và Ban chỉ đạo các tỉnh đầu tư nhiều công sức và sáng kiến. Tất cả 11 xã điểm đều có ít nhất 2-3 dự án, điểm trình diễn về sản xuất nông nghiệp, cùng lúc tổ chức các HTX làm đầu mối đưa nhanh tiến bộ KH-KT vào sản xuất, hợp tác với doanh nghiệp trong lĩnh vực sản xuất, chế biến và tiêu thụ nông sản. Bước đầu các xã quan tâm đến đào tạo nghề cho nông dân gắn với phát triển cơ sở công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp và dịch vụ, để chuyển dịch cơ cấu lao động. Có thể kể đến Tân Thịnh sản xuất mì sợi, đá xẻ; Gia Phố sản xuất muối iốt, bún; Tân Hội (Lâm Đồng) thành lập 14 tổ hợp tác trồng hoa lan, nuôi cá cảnh; Thụy Hương (Hà Nội) có 5 chương trình hoa, rau, quả, chăn nuôi, cơ giới hóa nông nghiệp; Định Hòa (Kiên Giang) có mô hình ruộng "4 tốt"; Thanh Chăn (Điện Biên) phát triển HTX thủy sản; Tam Phước (Quảng Nam) lập tổ dịch vụ làm đất, tổ thu gom rác, đội xây dựng nông thôn v.v. Nhìn chung, giá trị trên đơn vị diện tích và thu nhập của nông dân đều tăng. Đến nay đã có 9/11 xã điểm được duyệt kinh phí xây dựng nhà văn hóa, sân thể thao xã, 84 trong tổng số 123 thôn đã có nhà văn hóa thôn, 31/123 thôn có sân thể thao; một số xã như Hải Đường, Gia Phố, Tân Thông Hội xử lý tốt rác thải, nước thải, xây dựng nghĩa trang, trồng cây xanh. Đến tháng 6/2010, lũy kế vốn thực hiện đạt 498,7 tỉ đồng (tăng 82% so với năm 2009), trong đó vốn ngân sách Trung ương và địa phương, vốn lồng ghép các chương trình mục tiêu chiếm 66%, vốn dân đóng góp 22%, còn lại 12% là vốn doanh nghiệp...
Tuy nhiên, sự phối hợp giữa các bộ, ngành trong hướng dẫn các qui hoạch còn hạn chế, chậm chạp, có khi chưa sát với quy hoạch vùng và huyện. Một số tỉnh như Quảng Nam, Lâm Đồng cho rằng ch t lượng quy hoạch chưa tốt và các viện quy hoạch của các bộ không thể đủ sức làm rộng ra các xã. Vì vậy, đề nghị giao cho UBND tỉnh quyết định quy hoạch, vừa nhanh chóng, vừa đảm bảo chất lượng, không nhất thiết phải dựa vào các viện Trung ương. Tiến độ thực hiện một số dự án hạ tầng còn chậm so với kế hoạch, một số công trình chưa đảm bảo tiêu chuẩn, nhiều dự án, công trình vẫn không huy động nhiều lao động địa phương, không do nhân dân tổ chức thực hiện. Đây là căn bệnh đã có từ những ngày đầu tiên thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia 135, đã bị Quốc hội và xã hội phê phán gay gắt, nay không thể để lặp lại tại 11 xã thí điểm.
Tiến độ thực hiện Chương trình thí điểm còn chậm, còn có nguyên nhân là các cấp ủy Đảng và chính quyền, các tổ chức đoàn thể chưa thật sự quán triệt, tuyên truyền sâu rộng, chưa có biện pháp tổ chức để người dân và cộng đồng tham gia ngay từ
khâu lập đề án, qui hoạch và triển khai thực hiện các nội dung của đề án. Mặt khác, không có sự phối hợp đồng bộ giữa các bộ, ngành đối với địa phương có 11 xã điểm. Ví dụ, nông thôn hiện đang đối mặt với tình trạng ô nhiễm môi trường nặng nề. Việc này không thể phó mặc cho một mình Bộ Y tế, mà phải có sự kết hợp hành động cụ thể của các Bộ: NN - PTNT, Công Thương, Tài nguyên - Môi trường, Công an, Khoa học - Công nghệ... Thiết nghĩ, đã đến lúc cần qui về một đầu mối chỉ đạo và điều hành việc thực hiện Chương trình thí điểm, để tiến tới thực hiện Quyết định 800/QĐ-TTg bởi thực chất đây là xương sống của "Tam nông".