Các cán bộ công viên chức khi được phân công kiêm nghiệm tại các BQL dự án ODA được cơ quan điều động thanh toán tiền lương và các khoản phụ cấp theo qui định hiện hành của Nhà nước. Các cán bộ này còn được BQL dự án chi trả một khoản phụ cấp quản lý dự án tối đa bằng tiền lương, phụ cấp đang được thanh toán ở cơ quan điều động.

Ngày 4.10.2006, Bộ Tài chính, Bộ Khoa học và Công nghệ (KH&CN) đã ban hành Thông tư liên tịch số 93/2006/TTLT/BTC-BKHCN (Thông tư 93) hướng dẫn chế độ khoán kinh phí của đề tài, dự án KH&CN sử dụng ngân sách nhà nước. Đây là Thông tư cụ thể hoá một bước về cơ chế giao quyền tự chủ trong tài chính, tự chịu trách nhiệm về kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ. Các giải pháp "khoán" nêu trong Thông tư đã thể hiện được cơ chế quản lý tài chính đối với kinh phí của đề tài, dự án KH&CN "thông thoáng" hơn so với các quy định hiện hành.